亚丁自然保护区受青藏高原影响，呈现出青藏高原型气候和大陆性气候特征，属大陆性季风高原气候。区内冬长夏短，昼夜温差大，温度垂直差异明显，年平均气温12.3度。本区降水量在800至1000毫米之间，雨季集中在5月至10月之间，占全年降水量的95%，区内干湿季分明，雨季干湿分明；而11月至次年4月份，为旱季，仅占全年降雨量的5%，在6月至8月份，高山地区几乎每天午后都有雨，以小雨为多，降雨量时伴有3、4级风，持续时间不长，一般30分种左右。本区在海拔5200米以下地区以液态降水为主，而海拔5200米以上高地区，以固态降水（雪或冰雪）为主。

　　区内河流均属长江上游金沙江水系，有三条主要河流：东义河、日瓦河、贡嘎银河。东义河在区内还有4条支流，即尼隆河、老蛙雄沟、呷顶河、通丁沟。区内河流都具有以下特点：河谷狭窄、落差大、流速大、河床多巨大跞石。本区是稻城县多雨地区，大气降水为河床主要补给，其次是地下水。由于大面积的原始森林覆盖。植被完整，涵养水的能力强，水源丰富，据估计，仅固态水（冰雪）就达5300万立方米左右。因此河流水量充沛，水质优良。